Sélection de projets open source
crest4
Attribue des noms taxonomiques aux séquences d'ADN issues du séquençage environnemental — une réécriture moderne du classificateur CREST.
BioinformatiqueMicrobiologiePythonpacmill
Pipeline complet pour le séquençage d'amplicons 16S rRNA en lecture longue PacBio, des reads bruts aux rapports prêts à publier.
BioinformatiquePipelinePythonseqenv
Relie les séquences d'ADN aux termes de l'ontologie environnementale (EnvO) par fouille de texte de la littérature scientifique.
BioinformatiqueText MiningPythontrack
Accès simple en lecture/écriture aux pistes génomiques dans de nombreux formats, adossé à SQLite.
GénomiqueSQLPythonforest_puller
Récupère et harmonise les données d'inventaire forestier européen issues de sources publiques en un jeu de données comparable.
Open DataÉcologiePythonsinclair.bio
Ce site même — un site statique rapide et bilingue conçu avec Astro, Tailwind CSS et TypeScript, déployé automatiquement à chaque commit.
Site webAstroTypeScriptSélection de témoignages
"J’ai travaillé avec Lucas sur un sujet mêlant données cliniques, microbiologie et data science. Ce que j’ai particulièrement apprécié, c’est sa capacité à comprendre rapidement un contexte complexe et à en tirer un résultat clair et utile. Lucas est sérieux, autonome, et on échange facilement avec lui."
"Le pipeline de métagénomique microbienne 16S rRNA développé par Lucas a été essentiel pour nos projets sur le microbiome intestinal." (traduit de l'anglais)
"Lucas m’a aidé en 2021, par l’intermédiaire de sa société Sinclair Bio, à réimplémenter entièrement le logiciel de bioinformatique CREST que j’avais initialement développé pendant mon doctorat. Ce fut un vrai plaisir de travailler avec Lucas. En plus d’écrire un code Python bien structuré et à l’état de l’art, l’aide et les conseils qu’il a apportés pour planifier le travail et résoudre différents problèmes ont toujours été très amicaux, pertinents, compétents, clairs et rapides. Je recommande chaleureusement Lucas et Sinclair Bio pour des missions de développement logiciel ou d’analyse de données liées à la bioinformatique, ou à d’autres domaines !" (traduit de l'anglais)
"Lucas est un enseignant Python passionné et motivé, capable de transmettre aux étudiants non seulement ses connaissances, mais aussi son expérience. Ses cours étaient clairs, informatifs et bien organisés, permettant aux étudiants de progresser étape par étape. Les retours des étudiants ont été très positifs. J’espère qu’il reviendra chaque année enseigner ce cours." (traduit de l'anglais)
"Lucas a su piloter notre projet de pipeline d’analyse bioinformatique et le mener à terme de manière efficace et dans les délais. Travailler avec lui a été un plaisir et je le recommande vivement." (traduit de l'anglais)
Sélection de publications
Sélection de cours suivis
Personnel
Mes hobbies sont la course, le cyclisme, la natation, le ski et les via ferrata. J'aime aussi voyager et j'ai déjà visité 41 pays à travers le monde. Quelques liens à parcourir:
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